Transmit 5では、デフォルトのユニコード正規化モードがNFDからNFCに変更されました。
この設定は、ファイル名にUTF-8が使用されている項目のサーバ転送に影響します。LinuxやWindowsベースのサーバではNFCが使用され、macOSベースのサーバではNFDが使用されています。(より詳しい情報はWikipediaのUnicode正規化またはUnicode normalization formatsをご参照ください。)
macOSサーバに接続することが予め分かっている場合は、詳細サーバ設定にてNFDに設定してください。